События начинаются с того, как молодая Джубили внезапно обнаруживает у себя странную искрящуюся силу, и на неё тут же открывают охоту огромные роботы — Стражи. Девушку спасает группа мутантов, живущих в поместье профессора Ксавье. В этой команде собрались совсем разные личности: Циклоп пытается всеми руководить, Росомаха постоянно ворчит и лезет в драку, а Шторм управляет погодой. Им приходится постоянно прятаться и тренироваться в специальной Комнате опасности, потому что обычные люди их боятся и пытаются загнать в регистрационные списки. Правительство создаёт системы слежки, а сенатор Келли строит на ненависти к мутантам свою политическую карьеру. При этом внутри самого сообщества одарённых людей нет единства — старый знакомый профессора, Магнето, считает, что мирно договориться с человечеством не выйдет, и собирает своих сторонников для силовой борьбы.
В сериях постоянно что-то происходит: то Зверя забирают под арест после налёта на правительственный центр, то Гамбит пытается разобраться со своим прошлым в гильдии воров. Сюжет часто заносит героев в разные уголки планеты и даже в космос, где они сталкиваются с инопланетными империями и древними силами вроде Ши'ар. Периодически появляются путешественники во времени, как Бишоп или Кейбл, которые предупреждают о катастрофическом будущем и пытаются предотвратить убийства ключевых фигур. Мутантам приходится сражаться не только с роботами или фанатиками из организации «Друзья человечества», но и с мощными противниками вроде Апокалипсиса, который мечтает переделать мир по законам выживания сильнейших. Личные драмы героев, вроде безответной любви Росомахи к Джин Грей или неспособности Роуг к кому-либо прикоснуться, переплетаются с глобальными битвами, где на кону стоит выживание целого вида.
