История начинается в секретной академии ниндзя, спрятанной в горах, где готовят будущих защитников. Трое студентов — Шейн, Дастин и Тори — вечно опаздывают на занятия и кажутся наставникам не самыми перспективными учениками. Но всё меняется, когда на школу нападает изгнанный мастер ниндзя по имени Лотор, который притащил с собой целую армию инопланетных монстров и запер всех остальных студентов в коконах. Троице удаётся сбежать в подземный бункер под предводительством своего сенсея, который после атаки почему-то превратился в говорящую морскую свинку. Теперь этим ребятам приходится на ходу осваивать морферы, чтобы использовать силы ветра, воды и земли. Они живут в обычном прибрежном городке, зависают в магазине спорттоваров и катаются на скейтах, а в свободное время отбиваются от прихвостней Лотора, которые то и дело увеличиваются до размеров небоскребов.
Ситуация сильно осложняется, когда в игру вступают двое загадочных братьев на мощных мотоциклах, обладающих силой грома. Блейк и Хантер сначала нападают на основных героев, будучи уверенными, что те виноваты в гибели их родителей. Из-за этих недоразумений и старых тайн ниндзя-кланов начинаются постоянные стычки в карьерах и лесах. В какой-то момент к ним присоединяется ещё и сын сенсея в золотых доспехах, прилетающий на огромном вертолёте-трансформере. Лотор постоянно строит козни в своем космическом корабле, отправляя на Землю странных существ, а рейнджеры пытаются совместить тренировки по боевым искусствам с участием в соревнованиях по экстремальным видам спорта. В итоге всем шестерым приходится как-то уживаться вместе, копить энергию для вызова огромных механических роботов-зордов и искать способ запечатать портал в Бездну Зла, пока мир окончательно не погрузился в хаос.
